Piippolan kirkko on puinen ristikirkko. Sen rakentaminen alkoi jo ennen saarnahuonekunnan perustamista. Useiden vuosien työn jälkeen kirkko valmistui Simo Jylkän johdolla 1770. Kirkko vihittiin käyttöön uudenvuodenpäivänä 1771, jolloin kirkko sai nimekseen Magdalenan kirkko silloisen kruununprinsessan mukaan.

Alun perin kirkko rakennettiin niin suureksi, että seurakuntalaiset mahtuisivat kerralla kirkkoon – istumapaikkoja oli 600. Piippolan kirkossa on tehty suuria korjauksia toista kymmentä. Vuonna 1888 kirkon loivakaariset ovet ja ikkunat saivat goottilaisen muodon. Myös ulkoasu muuttui ratkaisevasti, minkä vuoksi kirkkoa ei aina uskota Simo Jylkän työksi.

Vuosien 1999–2000 korjausten yhteydessä saarnastuolissa olleet Mikael Toppeliuksen maalaukset restauroitiin alkuperäiseen vuoden 1779 asuun. Vuonna 2004 saarnastuolin yhteyteen saatiin kaikukatoksen koristeet: kahdeksankulmainen koristeosa, jossa on karitsa lippuineen, tiimalasi telineineen ja puinen kukko.

Kirkon tapulissa on kirkkomuseo.